A lo largo de su carrera como asesino (que se dice que duró unos 15 años según una canción popular. Niers finalmente fue declarado culpable de haber asesinado a 544 personas, incluidas 24 mujeres embarazadas y los fetos que Niers había cortado de sus úteros para actos de canibalismo y para usar en rituales de magia.
Joy Wiltenburg señala que el propio Niers fue arrestado y torturado en Gersbach. Allí, confesó 75 actos de asesinato, pero de alguna manera logró escapar. Durante los años siguientes, hasta su arresto final en 1581, se escribieron y circularon una serie de folletos, baladas e historias que detallaban su canibalismo y dominio de las artes negras.
Incluso antes de esto, sin embargo, parece que Niers aprendió cómo volverse invisible de su mentor Martin Stier, y que la única razón por la que finalmente fue atrapado fue porque lo privaron de su bolsa que contenía los materiales mágicos para hacerse invisible. Se pensaba que un componente crítico de tal material mágico eran los restos de fetos; durante el lanzamiento del hechizo se comieron los corazones del feto. Joy Wiltenburg menciona también otro uso de la magia negra fetal: confeccionar la carne y las grasas de los bebés en velas mágicas que, cuando se encienden, les permitirían asaltar casas sin despertar a los habitantes.
Una balada tardía contiene las circunstancias bajo las cuales Niers fue descubierto, lo que llevó a su arresto y ejecución. Llegó a Neumarkt y se alojó en una posada llamada "The Bells". Un par de días después sintió el deseo de lavarse y fue a un baño público, dejando atrás su preciosa bolsa con materiales mágicos para que el posadero lo mantuviera a salvo.
Allí, a pedido, el posadero les dio la bolsa de Niers, la abrieron y contenía varias manos cortadas y corazones de fetos asesinados. La gente del pueblo reaccionó rápidamente y se reunió una fuerza de ocho hombres que detuvo a Peter Niers. Cuando supo que habían averiguado lo que llevaba en su costal, admitió su identidad, que era culpable y confesó sus numerosos asesinatos.
Peter Niers fue torturado y ejecutado en el transcurso de tres días en septiembre de 1581. El primer día, le arrancaron tiras de carne del cuerpo y le vertieron aceite caliente en las heridas. En el segundo día, sus pies fueron untados con aceite caliente y luego sostenidos sobre carbón encendido, asándolo así. Al tercer día, el 16 de septiembre de 1581, fue arrastrado al lugar de ejecución y roto en la rueda; la rueda le golpeó 42 veces. Aún con vida, que finalmente fue desmembrado por cuarteo.