En marzo de 2016, Podemos llevó a cabo las primarias en el País Vasco. Las votaciones internas pasaban por el doble control de la auditoría externa de Agora Voting y la formación morada encontró un 'agujero' para saber el voto de sus afiliados, según Vozpópuli.
En ese momento, la cúpula morada estaba preocupada ya que detectaron que Iñigo Errejón estaba intentando hacerse fuerte en las diferentes autonomías para dar el salto al poder interno.
En el País Vasco resultó ganadora Nagua Alba, dirigente afín a Errejón. Superó en decenas de votos a Pilar Garrido, la política de Podemos más cercana a la corriente de Pablo Iglesias.
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Juanma Del Olmo, cercano a Iglesias, pidió en ese momento a Agora Voting que hiciera un segundo recuento de las primarias ya que "sospechaba que se habían inscritos miembros del partido de otros territorios", según han explicado fuentes cercanas a Vozpópuli. "Pretendía eliminar algunos inscritos y contar de nuevo los votos", han añadido las mismas fuentes.
Podemos planteó a Agora Voting volver a contar los votos de nuevo pero sin tener en cuenta a aquellos que se habían inscrito en los días previos a la celebración de las primarias.
La empresa se negó en rotundo ya que, en caso de llevarlo a cabo, se perdería la confidencialidad y Podemos podría saber el voto de cada uno de los afiliados que acudió a las primarias.
Agora Voting desveló el "agujero"
Según el citado medio de comunicación, Agora Voting se negó a hacer lo que pedía Podemos pero detalló una técnica, el segundo "descifrado", para desvelar el sentido del voto de cualquier afiliado.
Las fuentes de Podemos han comentado que este "agujero" en el sistema "podía servir para saber cómo averiguar el voto" quitando algunas preferencias en la segunda lectura. Analizando la diferencia entre el primer y segundo resultado se conocería el voto de las personas señaladas.
Con el mensaje de Agora Voting, la formación morada encontró una herramienta para conocer el sentido del voto de los afiliados y conocer de primera mano quien apoyaba a Errejón y quién a Iglesias.
Tras Vistalegre II, en la que Errejón salió como perdedor, Podemos decidió prescindir de Agora Voting y recurrir, para las consultas y congresos, a su personal interno.