El nuevo shogunato fue cuando se estableció en Japón el gobierno militar, con breves interrupciones, entre finales del siglo XII hasta la Restauración Meiji de 1868. Centralizó y unificó definitivamente el país, imponiendo una dictadura que supuso, de hecho, su pacificación progresiva. Si bien en siglos de guerras los samuráis eran muy útiles, ahora suponían un peligro para la consolidación del nuevo Estado.
Se les siguieron permitiendo sus privilegios de casta guerrera y su derecho a portar espada, pero se les fue impidiendo la posesión directa de tierras.Tuvieron que abandonar sus feudos y verse obligados a trasladarse a la ciudad, burocratizándose, y entrar al servicio de sus daimios como funcionarios, o bien convertirse en simples artesanos o campesinos.
A mediados de este siglo se les prohibieron, los duelos personales, y a finales de la centuria, el entrenamiento de sus prácticas marciales. El período de paz más largo de Japón estaba acabando con su élite militar.
Unos se aferraron al código de valores, el bushido, encerrándose en su mundo al margen de la sociedad; otros se proletarizaron dedicándose al campo o la pequeña industria y otros más se convirtieron en ronin, en samuráis sin señor, que podían actuar al margen de la ley o como simples mercenarios, lo que acrecentaba el recelo que las autoridades sentían hacia ellos.